ส่วนราชการ

ตาม พ.ร.บ. ปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. 2545 ประกาศให้กระทรวงสาธารณสุข มีส่วนราชการดังต่อไปนี้

• สำนักงานรัฐมนตรี
• สำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุข
• กรมสุขภาพจิต
• กรมควบคุมโรค
• กรมอนามัย
• กรมการแพทย์
• กรมวิทยาศาสตร์การแพทย์
• กรมสนับสนุนบริการสุขภาพ
• กรมการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือก
• สำนักงานคณะกรรมการอาหารและยา
• ศูนย์​ปฏิบัติการ​ฉุกเฉินด้านการแพทย์และสาธารณสุข​

ส่วนราชการที่เป็นนิติบุคคล

• สถาบันพระบรมราชชนก

รัฐวิสาหกิจ

• องค์การเภสัชกรรม

องค์การมหาชน

กระทรวงสาธารณสุข มีองค์การมหาชนในความกำกับดูแลจำนวน 6 แห่ง แบ่งเป็นองค์การมหาชนที่จัดตั้งตามพระราชบัญญัติองค์การมหาชน พ.ศ. 2542 จำนวน 2 แห่ง และองค์การมหาชนที่จัดตั้งตามพระราชบัญญัติเฉพาะ จำนวน 4 แห่ง

• โรงพยาบาลบ้านแพ้ว (องค์การมหาชน)
• สถาบันรับรองคุณภาพสถานพยาบาล (องค์การมหาชน)
• สถาบันวัคซีนแห่งชาติ
• สถาบันวิจัยระบบสาธารณสุข
• สำนักงานหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ
• สถาบันการแพทย์ฉุกเฉินแห่งชาติ